Licenciement pendant un arrêt maladie : ce qui est permis (2026)

Un salarié est arrêté depuis des mois, son poste n’est pas tenu et l’équipe s’épuise. La tentation est de licencier. La loi l’interdit si le motif est la maladie elle-même, mais elle laisse quelques portes ouvertes, très encadrées. Voici ce qui est permis, selon l’origine de l’arrêt.

Le principe : pas de licenciement à cause de la maladie

Aucun salarié ne peut être licencié en raison de son état de santé : c’est une discrimination. Un licenciement prononcé pour ce motif est nul. Le salarié peut alors demander sa réintégration ; s’il ne la demande pas ou si elle est impossible, le juge lui accorde une indemnité d’au moins 6 mois de salaire, en plus des indemnités de rupture.

L’arrêt maladie suspend le contrat ; il ne protège pas contre tout licenciement. Tout dépend du motif et de l’origine de l’arrêt.

Arrêt maladie ordinaire : ce qui reste possible

Fautes possibles pendant un arrêt, selon service-public : envoi tardif des arrêts malgré vos mises en demeure, acte déloyal (insultes, menaces), activité concurrente qui vous cause un préjudice, refus de rendre le matériel nécessaire à l’activité (ordinateur, clés), ou faute commise avant l’arrêt.

Le licenciement pour absences qui désorganisent l’entreprise

C’est le motif le plus utilisé, et le plus contesté. Deux conditions cumulatives :

1. Une désorganisation réelle causée par l’absence prolongée ou les absences répétées : décrivez des faits précis et vérifiables (commandes perdues, fermetures, heures supplémentaires imposées, clients mécontents).
2. La nécessité d’un remplacement définitif par une embauche en CDI. Un CDD, un intérimaire ou une répartition des tâches ne suffit pas. Expliquez pourquoi un remplacement temporaire n’est pas possible (poste très spécifique, qualification rare, absences imprévisibles).

Trois vérifications avant de vous lancer :

• La convention collective peut prévoir une garantie d’emploi (pendant 3, 6 ou 12 mois par exemple) qui interdit ce licenciement, ou une mise en demeure préalable.
• Les absences ne doivent pas venir d’un manquement de votre part à votre obligation de sécurité, comme une surcharge de travail ou un harcèlement.
• La lettre doit détailler la durée et la fréquence des absences, les perturbations constatées et les raisons qui empêchent un remplacement temporaire. Le modèle de lettre du ministère du Travail suit exactement ce plan.

Arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle

Pendant la suspension du contrat pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, vous ne pouvez licencier que dans deux cas :

• une faute grave du salarié ;
• l’impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident ou à la maladie, par exemple la fermeture de l’établissement.

Le licenciement pour désorganisation n’est pas possible dans ce cadre. Toute rupture prononcée hors de ces deux cas est nulle.

La procédure et le préavis pendant l’arrêt

La procédure est celle du licenciement pour motif personnel (ou économique, selon le motif) : convocation, entretien préalable au moins 5 jours ouvrables après, lettre au moins 2 jours ouvrables après l’entretien. Le salarié en arrêt peut ne pas venir à l’entretien ; la procédure continue. Si vous reportez l’entretien à cause de son état de santé, vous n’avez pas à respecter de nouveau les 5 jours ouvrables : prévenez-le en temps utile, par tout moyen.

Côté préavis : si le salarié ne peut pas l’effectuer parce qu’il est malade, l’indemnité compensatrice de préavis n’est pas due. Si vous le dispensez de préavis, elle est due.

Exemple

Un restaurant de 8 salariés emploie un chef de cuisine absent depuis 7 mois, avec des prolongations d’un mois à chaque fois. Les extras successifs ne connaissent pas la carte, le restaurant a fermé le midi deux semaines faute de chef. Vous recrutez un chef en CDI et engagez la procédure.

• Ancienneté à la fin du préavis : 4 ans. Salaire de référence avant l’arrêt : 2 400 € brut.
• Indemnité légale : 2 400 × 1/4 × 4 = 2 400 €, plus les congés payés acquis et non pris.
• Préavis : le salarié, toujours malade, ne l’effectue pas ; vous ne lui devez pas d’indemnité compensatrice, sauf si vous l’en dispensez.

Le salaire de référence se calcule sur les 12 ou 3 mois précédant l’arrêt, pas sur les mois d’arrêt. Le calculateur d’indemnité de licenciement fait le calcul.

Quand demander un conseil personnalisé

Ce licenciement est presque toujours contesté. Faites relire votre dossier si :

• vous n’avez pas encore recruté le remplaçant en CDI, ou seulement à temps partiel ;
• l’arrêt pourrait être lié au travail (accident, épuisement, conflit) ;
• votre convention collective prévoit une garantie d’emploi ;
• le salarié est protégé, ou une salariée est enceinte.

Les erreurs fréquentes

• Évoquer la maladie dans la lettre comme motif.
• Remplacer par un CDD ou un intérimaire puis invoquer un remplacement définitif.
• Licencier pendant un arrêt pour accident du travail pour désorganisation.
• Prendre les salaires réduits de l’arrêt comme salaire de référence.
• Payer ou oublier le préavis à tort : il dépend de qui empêche son exécution.

Avec purpay

purpay intègre dans la paie les arrêts que vous lui signalez, calcule le maintien de salaire légal et prépare les signalements d’arrêt en DSN. En cas de licenciement, il ne calcule pas l’indemnité : faites le calcul avec le calculateur d’indemnité de licenciement, à partir du salaire d’avant l’arrêt. purpay prépare ensuite le dernier bulletin (salaire et congés payés non pris), le solde de tout compte, le certificat de travail et le signalement de fin de contrat en DSN, que vous validez. La décision et la procédure restent les vôtres.

Ce guide est une information générale, à jour à la date indiquée. Il ne remplace pas un conseil adapté à votre situation : vérifiez votre convention collective et les textes officiels.